博爾頓足球俱樂部成立於1874年，是英格蘭足球聯賽始創俱樂部之一。博爾頓在上世紀二十年代曾三奪足協盃冠軍，但至上世紀七十至九十年代中，球隊大部份時間在低組別的聯賽浮沉。1995年博爾頓首次升上英超，之後數年在英超與英甲之間浮沉，為九十年代英格蘭聯賽其中一支「升降機」球隊。在總教練艾拿泰斯帶領下，博爾頓於2001年再次升上英超，之後漸在英超站穩，更兩次取得參加歐洲賽的資格。2007年，帶領博爾頓八年的總教練艾拿泰斯離開，博爾頓亦因為球員老化問題，成績開始滑落，多個賽季都要為保級而戰。至2011年至2012年賽季，博爾頓只得英超第十八名，保級失敗，於2012年至2013年賽季開始在英冠聯賽角逐。
博爾頓降落英冠後，數季只在聯賽榜中下游位置。2015/16年度英冠聯賽，博爾頓長期位於榜末，保級形勢相當惡劣。在2016年4月9日，博爾頓以1-4敗給德比郡後，提早五輪聯賽宣告保級失敗，來屆降至英甲。博爾頓降級後首個賽季在英甲取得聯賽亞軍，2017/18年度賽季返回英冠。
2017/18年度賽季，博爾頓在最後一場聯賽憑比賽最後五分鐘連入兩球，以3-2反勝諾丁漢森林，取得聯賽第二十一名，僅僅保住英冠席位。在2018/19年度賽季，博爾頓面對嚴重財務問題，季中雖還清欠前老闆的債項而避過被接管，但嚴峻的財務問題已影響俱樂部營運及成績。2019年4月19日，博爾頓主場以0-2不敵阿斯頓維拉，提早四周聯賽宣告保級失敗，之後更因會方拖欠球員兩個月薪酬，博爾頓球員一度擬罷踢本季最後兩場聯賽，結果博爾頓球員只罷踢了聯賽倒數第二輪對布蘭特福德的比賽以表不滿。
2019年5月，在2018/19年度賽季結束後，博爾頓足球俱樂部因欠稅而被接管，因此在2019/20年度賽季開始時博爾頓被扣12分。暑假期間傳出博爾頓行政職員被拖欠薪金的消息。2019年8月新賽季開展，多次比賽博爾頓只派出平均年齡只有19歲的年青球員比賽，在多場比賽慘敗之餘，英格蘭足協亦關注為博爾頓出賽的年青球員福利問題，以至在8月底暫停博爾頓的比賽。英格蘭足協要求博爾頓在2019年9月12日之前找到新買家，否則俱樂部將會逐出英格蘭職業聯賽，結果在2019年8月29日新買家Football Ventures (Whites) Ltd入主博爾頓，令俱樂部能繼續在英甲聯賽比賽。
2019/20年度英甲聯賽，因受新冠肺炎疫情影響，在2020年3月中旬開始暫停，並在2020年6月決定腰斬賽季，各球隊以停賽前每場比賽的平均得分決定排名。在停賽時位處英甲榜末的博爾頓，因此成為本季英甲聯賽的榜末球隊，來季降至英乙比賽。
2020/21年度英乙聯賽，完成24輪比賽後，博爾頓僅僅在聯賽榜排名第十七，但是在新任總教練伊恩·伊瓦特的帶領之下，下半季博爾頓有著截然不同的表現。在最後一輪擊敗克勞利鎮後，以聯賽第三名的成績自動升級來季的英甲聯賽。