迈凯伦车队时代
塞纳于1988年首次获得世界冠军
1988年，塞纳加入迈凯伦车队[5]，与队友普罗斯特展开了F1史上一段极为传奇的对抗。这年迈凯伦车队的竞争力大幅超前其他车队，在全年16场赛事中，总共取得了15场分站冠军。当中塞纳取得了8座，普罗斯特取得了7座。虽然年度总积分普罗斯特以105分胜过塞纳的94分，不过那时候F1 只有计算全年最佳的11场分站积分，因此塞纳以90分压过普罗斯特的87分，取得了世界冠军的头衔。
这年的葡萄牙站，在过弯时普罗斯特为保车位阻挡塞纳超车，两车出现碰擦，使得两人的关系出现裂痕，日后的竞争逐渐趋向激烈。（出自纪录片《永远的车神，塞纳》）
1989年，迈凯伦车队的优势仍然很明显，世界冠军的人选仍然不出塞纳和普罗斯特两人之间。第二站圣马力诺站，塞纳违反了两人的“君子协定”，两个人的关系更加紧张，到了这年的倒数第二站日本站，塞纳企图超越普罗斯特，却反而和对方撞上，普罗斯特退赛，而塞纳虽然回到赛场上，并且遥遥领先过了终点线，但遭到FIA取消资格，该年普罗斯特得到了世界冠军。
塞纳在日本站的行为使他遭到FIA贴上“危险驾驶”的标签，几乎被剥夺超级执照。而且撞车事件也使他和普罗斯特两人完全决裂。
1990年，普罗斯特离开了迈凯伦车队，投奔法拉利车队（Ferrari F1 Team）。但和塞纳的冲突日趋白热化，同样到了倒数第二站日本站，这时情况和去年相反，普罗斯特必须击败塞纳才能保住争冠机会。排位赛塞纳取得杆位，普罗斯特第二，正赛发车后，普罗斯特取得领先，到了第一个弯角，塞纳直接从后面将普罗斯特撞出赛道，塞纳得到他第二座世界冠军。
翌年，塞纳承认他在赛前就打定主意若无法取得领先就将对方撞出，目的是为了报复FIA一年前剥夺他到手的分站冠军。塞纳和普罗斯特两位传奇车手为了争夺冠军，连续两年在日本铃鹿赛车场发生碰撞，结果两人各获一次世界冠军头衔，但是也让两人变得势不两立。
1991年，法拉利车队的实力大幅滑落，塞纳开季四连胜后就持续保持领先，圣保罗大奖赛，塞纳从发车一路领先，但是在最后还剩七圈时，赛车变速箱卡在六档，此时赛车非常难操控，但塞纳从未在自己的家乡获胜过，他奋力一搏跑完比赛并夺下分站冠军，赛后他双肩背部痉挛，在领奖台上甚至举不起奖杯。最终塞纳击败了竞争对手威廉姆斯车队（Williams F1 Team）的奈杰尔·曼塞尔（Nigel Mansell），第三次夺下世界冠军。
1992年，这年是威廉姆斯车队独领风骚的一年，曼塞尔开幕战后豪取五连胜，使本年度赛季早早失去了悬念，直到第六站摩纳哥站塞纳才勉强压制住曼塞尔。这年塞纳仅仅取得3座分站冠军，和1次杆位，年度排名落到第四名，使他卫冕世界冠军失败。
艾尔顿·森纳于1993年德国站获得第4名
1993年，威廉姆斯车队的表现依旧难以抵挡，相反的迈凯伦车队在失去了本田发动机更换福特发动机之后，失去动力优势，在开幕站南非站塞纳十分辛苦的力战死对头威廉姆斯车队的普罗斯特，但毫不是对手。塞纳全年16站中取得5座分站冠军，在摩纳哥站他取得第六座冠军，打破了二次世界冠军格拉汉姆·希尔（Graham Hill）的五次摩纳哥站冠军的纪录，也是他连续五年获得摩纳哥站冠军。赛季末段，由于迈凯伦车队本年度的低落表现，塞纳再度兴起了转队的念头。